En zonas aledañas a Bogotá como en Pubenza, Tocaima, se han encontrado restos de herramientas cuya datación por radiocarbono las ubica hace por lo menos 16000 años de antigüedad, justo durante la era de hielo.42​ Durante el tardiglacial (hace aproximadamente 12 500 años), cuando comenzó el retiro de los hielos, el clima mejoró y el bosque andino invadió la Sabana de Bogotá. Los alrededores de la actual ciudad empezaron a cubrirse de vegetación de subpáramo. Existe evidencia de la presencia y abundancia de animales de caza en el área, como conejos, venados y quizás mastodontes y caballos en dicha época. Lo anterior incentivó la incursión de grupos de cacería en la zona. Se estima que en esta época comenzó la habitación semipermanente del altiplano, por parte de habitantes del valle de Magdalena. En el yacimiento arqueológico de El Abra se ha podido comprobar la presencia humana hace por lo menos 11 000 años.43​ Las primeras evidencias de actividades hortícolas han sido halladas en Aguazuque: restos calcinados de ibia y calabaza datados en 3860 años, época en que comenzó un período largo de clima seco y se registraron condiciones que generaron paulatinamente las prácticas hortícolas.44​ Se comenzó a favorecer el consumo del curí por encima de los venados de cornamenta que empiezan a escasear. Posteriormente, el curí fue domesticado por los habitantes del lugar.42​ Hacia el 1000 a. C. se produjo un cambio en las prácticas sociales, evidenciado por la presencia de cerámica, actividades agrícolas y construcción de campos elevados para el cultivo.45​ Por las características de la cerámica se ha caracterizado la Cultura Herrera, evidenciada por varios yacimientos arqueológicos que datan desde el 400 a. C. y al menos hasta el 800 o 1000 de la era actual,46​ período en que ya estaba muy difundido el cultivo del maíz, fríjoles y la papa.47​ Hacia el año 800, los muiscas (pueblo indígena más importante de la familia chibcha) habitaban la zona, como resultado de una migración de origen chibcha, procedente de otro territorio (probablemente venidos desde Centroamérica), y que se mezclaron con la población anterior.48​ La cultura muisca careció de escritura, por ello, los cronistas reconstruyeron la historia aborigen recogiendo los hechos a través de relatos orales que se remontan al año 1.470, cuando gobernaba Muequetá (actualmente Funza) el Zipa Saguanmachica.49​ En la cumbre de la escala de la organización social muisca estaba el Zipa, cuyo dominio se ejercía desde Chocontá y Ubaté hasta Tibacuy y había integrado los cacicazgos de Guatavita y Sumapaz (sutagaos). Subordinados en la jerarquía al Zipa y a los psihipqua o caciques (“príncipes”), estaban los zibyntyba, llamados por los españoles “capitanes” de las zibyn o sibyn y a estos los utatyba (“capitanías menores”), líderes de las comunidades uta.50​51​ Los zibyn eran matrilinajes y la descendencia de los jefes correspondía al hijo de su hermana, de modo que el sucesor del Zipa era su sobrino, el cacique de Chía.52​53​54​ Diversos estratos cumplían funciones religiosas de chyquy (“jeques”) y supquaguyn (“mohanes”).51​ Se cree que, previa la construcción de templos, los muiscas pudieron practicar sacrificios humanos de jóvenes vírgenes o de capturados en la guerra o comprados a otras tribus.55​ Sin embargo no existen evidencias sólidas o comprobables de ello. También crearon un calendario de gran precisión y una compleja estructura jurídica, conocida con el nombre de «Código de Nemequene».56​ Por otra parte, las edificaciones muiscas fueron levantadas con materiales perecederos que les impidió mantenerse en pie después de la llegada de los conquistadores europeos.54​